Prefeitura não reteve o ISS dos meus serviços: quem paga essa conta?

Carlos Eduardo Tavares Simões Pires
Carlos Pires Advogado
Hoje 15 minutos de leitura
Prefeitura não reteve o ISS dos meus serviços: quem paga essa conta?

A responsabilidade tributária do tomador de serviço explica essa dúvida: quando a lei municipal atribui ao órgão público tomador o dever de reter o ISS na fonte, é ele quem responde pela falha em não reter, e o prestador que comprovar o pagamento não deve arcar com o tributo em duplicidade. Ainda assim, se o município não retém nem recolhe o ISSQN devido, pode ser obrigado, inclusive por determinação do Tribunal de Contas, a abrir cobrança administrativa dentro do prazo decadencial de cinco anos do Código Tributário Nacional.

Se você presta serviço a uma prefeitura, a uma autarquia ou a qualquer outro órgão público e descobriu que o ISS não foi retido do seu pagamento, a pergunta é sempre a mesma: quem paga essa conta agora? Este artigo traz a resposta direta e mostra quem são os responsáveis em cada etapa da retenção, para empresas, pessoas jurídicas e prestadores — pessoa física ou não — que atuam em áreas como transporte escolar, construção civil e segurança.

O ISS — Imposto sobre Serviços de Qualquer Natureza — é um tributo municipal que incide sobre a prestação de serviços, com alíquota que varia entre 2% e 5% conforme a lei de cada município. Milhares de empresas e prestadores brasileiros recolhem esse imposto todos os meses.

De quem é a responsabilidade de reter o ISS quando o cliente é uma prefeitura?

Em regra, o ISS deve ser pago pelos próprios prestadores de serviços e autônomos que realizam o fato gerador, apurando e recolhendo o imposto mensalmente. A lei municipal, porém, pode transferir essa obrigação ao tomador quando o cliente é uma prefeitura, uma autarquia ou qualquer outro órgão público — e é aí que entra a retenção na fonte.

A responsabilidade pela retenção do ISS quando o tomador do serviço é uma prefeitura, uma autarquia ou qualquer outro órgão público depende da lei do município da prestação. Muitos municípios elegem a própria Administração como responsável tributário pela retenção, transformando-a em substituto tributário — a chamada substituição tributária, com responsabilidade supletiva do prestador apenas quando a lei local expressamente preveja essa hipótese.

O que diz a Lei Complementar nº 116/2003 sobre a retenção pelo tomador público?

O artigo 6º, §1º, da Lei Complementar nº 116/2003 autoriza os municípios a atribuir, por lei própria, a responsabilidade pelo crédito tributário a terceira pessoa vinculada ao fato gerador, incluindo o tomador. É esse dispositivo que permite à legislação municipal colocar sobre o órgão público, e não sobre o prestador, o dever de reter e recolher o imposto, fundamentando a retenção de ISS por órgão público em contratos administrativos, salvo exceção prevista na própria lei local.

De quem é a responsabilidade de reter o ISS quando o cliente é uma prefeitura?

O que é o ISS retido na fonte e como funciona na prática?

ISS retido na fonte é o valor que o tomador desconta do pagamento devido ao prestador, recolhendo-o ao município em nome deste. O prestador emite a nota fiscal pelo valor total do serviço, mas recebe apenas a diferença entre esse valor e o ISS retido.

Reter é descontar o imposto no pagamento; recolher é repassar esse valor aos cofres municipais. Um tomador pode reter e não recolher — falha exclusiva da Administração, diferente do atraso de um prestador que recolhe por conta própria.

Quais serviços têm retenção obrigatória do ISS na fonte?

Construção civil, segurança e vigilância, limpeza, conservação e locação de mão de obra estão entre os serviços mais sujeitos à retenção obrigatória quando o tomador é um órgão público. A lista completa depende da lei de cada município, que pode definir hipóteses próprias em seu Código Tributário, o que torna a regra pouco uniforme no país.

A retenção também costuma ser exigida quando o serviço é prestado em município diferente do domicílio do prestador. Nessas hipóteses, o município da execução, e não o do prestador, é competente para receber o ISS, e a retenção pelo tomador funciona como garantia de que o tributo chegue aos cofres da cidade onde o serviço de fato ocorreu.

A Lista Anexa à Lei Complementar nº 116/2003 define quais serviços entram na retenção?

A Lista Anexa à Lei Complementar nº 116/2003 traz os itens de serviço sujeitos ao ISS, entre eles transporte, construção civil e segurança, mas não impõe, por si só, a retenção na fonte. É a lei municipal, com base no artigo 6º da LC nº 116/2003, quem escolhe quais itens terão o imposto retido pelo tomador do serviço.

A empresa optante pelo Simples Nacional também tem o ISS retido na fonte?

Sim, a opção pelo Simples Nacional não afasta a retenção quando a lei municipal impõe essa obrigação tributária ao tomador público. A Lei Complementar nº 123/2006 resguarda a forma de apuração do imposto pela empresa optante, mas não impede que o município institua a retenção como mecanismo de arrecadação.

Lucro Presumido, Lucro Real e MEI têm tratamento diferente na retenção?

O regime federal (Lucro Presumido, Lucro Real ou Simples Nacional) normalmente não altera a obrigação do tomador público, já que a retenção incide sobre um imposto municipal calculado sobre o valor do serviço, e não sobre o lucro da pessoa jurídica. Já o Microempreendedor Individual costuma ficar fora dessa retenção, pois recolhe o ISS por valor fixo dentro do próprio Simples Nacional.

Posso ser cobrado se a prefeitura esqueceu de reter o ISS do meu contrato?

Quando a lei municipal atribui exclusivamente ao órgão público a responsabilidade pela retenção e pelo recolhimento, o prestador que cumpriu sua parte não deveria responder pela falha do município. O tomador designado como substituto tributário continua responsável pelo pagamento mesmo que a retenção não ocorra, e essa lógica costuma amparar o prestador contra cobrança direta.

O que decidiu o Tribunal de Contas no caso da Prefeitura de Bom Conselho?

Foi esse raciocínio, alinhado à jurisprudência dos Tribunais de Contas, que orientou o Acórdão T.C. nº 1284/2026, do Tribunal de Contas do Estado de Pernambuco, ao analisar o caso de uma prefeitura que pagou R$ 14.746.592,76 a uma empresa de transporte escolar sem reter os R$ 737.329,64 de ISSQN devidos, à alíquota de 5%. O Tribunal afastou a devolução do valor pelos gestores, por entender que se tratava de receita tributária não arrecadada, e determinou ao município que abrisse, ele mesmo, o procedimento para cobrar o crédito, responsabilizando a gestora que autorizou os pagamentos, e não a empresa contratada.

A empresa que presta serviço a um órgão público pode pagar ISS em duplicidade?

Não deveria. Se a lei atribuiu ao tomador a responsabilidade pela retenção, o crédito já foi extinto para o prestador que sofreu o desconto, ainda que o município tenha falhado depois no repasse ao Fisco municipal. Se a prefeitura cobrar o mesmo ISS diretamente do prestador, o contribuinte pode apresentar comprovantes de pagamento e de retenção para anular a cobrança administrativamente.

O que acontece se o município não recolher o ISS retido dos meus serviços?

Quando o município retém o valor do ISS mas não o recolhe aos cofres municipais, a falha é exclusivamente da Administração, e não do prestador, que já sofreu o desconto no pagamento recebido. Nesse caso, o problema deixa de ser tributário para o prestador e passa a ser um problema de responsabilização do gestor público, apurável pelo próprio Tribunal de Contas.

O que fazer se a prefeitura cobrar novamente um ISS que já foi retido?

O primeiro passo é reunir os documentos fiscais do contrato (nota fiscal e comprovante de pagamento com o destaque da retenção) e apresentar defesa administrativa ao município. Se a cobrança persistir, a orientação de um advogado especializado em Direito Tributário é o caminho mais seguro para evitar a inscrição em Dívida Ativa.

Como saber se o meu contrato com o poder público exige retenção de ISS?

A forma mais segura é consultar o Código Tributário do município da prestação, verificando se o serviço consta na lista de retenção obrigatória daquela cidade. O edital de licitação ou a minuta do contrato costumam trazer cláusula específica sobre a retenção de tributos; como mostramos neste artigo, vale confirmar esse ponto com a contabilidade da empresa antes de assinar. O vencimento do recolhimento segue a legislação municipal, e o imposto incide sobre o valor do serviço, não sobre bens públicos eventualmente usados na execução do contrato.

Existe prazo para a prefeitura fazer cobrança retroativa de ISSQN não retido no passado?

Sim. A prefeitura tem prazo decadencial de cinco anos para lançar o crédito tributário referente ao ISSQN não retido, contado do primeiro dia do exercício seguinte àquele em que o lançamento poderia ter sido feito, conforme o artigo 173, inciso I, do Código Tributário Nacional. Depois desse prazo, ocorre a decadência do lançamento, e o município perde o direito de cobrar: foi justamente esse prazo que orientou a determinação do Tribunal de Contas no caso de Bom Conselho, já que os fatos ocorreram em 2024 e a decadência só começou a correr em 1º de janeiro de 2025.

Por que contar com um advogado especialista em Direito Tributário nessa situação?

O Dr. Carlos Horácio Bonamigo Filho, responsável pela área de Direito Tributário e Direito Público da Garrastazu Advogados, atua em casos de retenção e cobrança de ISS em contratos com o poder público, ajudando empresas a comprovar retenções já realizadas e a contestar cobranças em duplicidade. Aqui na Garrastazu, também apoiamos clientes com dúvidas sobre a comprovação documental exigida nesses contratos, com atendimento online em todo o país.

Perguntas Frequentes

A alíquota do ISS pode variar entre municípios?

Sim. A alíquota do ISS varia entre 2% e 5%, conforme a lei de cada município, respeitados os limites da Lei Complementar nº 116/2003 e da Constituição Federal.

Existe multa para quem não observa a retenção do ISS?

A legislação municipal pode prever multa administrativa pela falta de retenção, que em alguns municípios chega a até 100% do valor do tributo, além de juros moratórios sobre o período em que o imposto ficou sem ser recolhido.

A prefeitura pode cobrar multa e juros se eu segui a interpretação da lei vigente na época?

O artigo 100, parágrafo único, do Código Tributário Nacional exclui a cobrança de multa, juros de mora e atualização monetária quando o contribuinte observou normas complementares vigentes (atos normativos, práticas reiteradas ou entendimento oficial da própria Administração) ainda que esse entendimento seja alterado depois. O tributo principal, porém, continua devido; a proteção vale para os acréscimos, não para o valor do imposto.

Existe um valor mínimo de contrato para a retenção do ISS ser exigida?

Muitos municípios adotam um valor mínimo de nota fiscal para acionar a retenção, e é comum encontrar esse critério referenciado em torno de R$ 5.000,00 em diversas legislações municipais, mas esse teto não é uniforme e cada Código Tributário local define seu próprio parâmetro.

A reforma tributária muda a forma de retenção do ISS?

A reforma tributária da Emenda Constitucional nº 132/2023 prevê a substituição gradual do ISS pelo novo Imposto sobre Bens e Serviços, em transição que se estende até 2033. Até lá, a retenção continua seguindo as regras da Lei Complementar nº 116/2003.

O que acontece se eu não me cadastrar em um município onde presto serviço eventualmente?

Alguns municípios exigem cadastro prévio do prestador de fora para permitir a emissão de nota fiscal ou para evitar a retenção pela alíquota máxima, e essa exigência já foi contestada em diversos casos por configurar cobrança desproporcional ou até arbitrária. Se o prestador entender que a exigência é abusiva no seu caso, o caminho é buscar apoio jurídico para questioná-la, já que a análise depende da lei de cada município.

O Microempreendedor Individual (MEI) tem o ISS retido separadamente?

Em regra, o MEI não tem o ISS retido separadamente, porque já recolhe o imposto por valor fixo mensal dentro do DAS do Simples Nacional. Ainda assim, o tratamento pode variar conforme o município e o tipo de serviço prestado.

É possível recuperar um valor de ISS retido indevidamente?

Sim, em casos específicos é possível pedir a restituição ou a compensação do valor, mediante pedido formal à prefeitura acompanhado da documentação que comprove o pagamento em duplicidade. É um processo burocrático, por isso vale buscar orientação profissional antes de iniciá-lo.

Se a prefeitura errou a alíquota aplicada ao meu serviço, posso contestar?

Sim. Se a prefeitura enquadrar o serviço em alíquota maior por erro, o contribuinte tem direito a requerer a revisão administrativa do lançamento, apresentando o item correto da Lista Anexa à Lei Complementar nº 116/2003.

A retenção do ISS tem relação com a Receita Federal?

Não diretamente. O ISS é imposto municipal, e sua retenção segue a legislação de cada município; a Receita Federal trata de impostos e contribuições federais, com regras próprias de retenção em contratos com o poder público.

Dívidas de ISS não pago podem impedir a empresa de participar de novas licitações?

Sim. Dívidas tributárias municipais não regularizadas levam à inscrição em Dívida Ativa, o que bloqueia a emissão da Certidão Negativa de Débito e pode prejudicar a participação da empresa em novas licitações.

O que fazer diante de uma dúvida sobre a retenção do ISS em um contrato específico?

O caminho mais seguro é reunir o contrato, o edital e a nota fiscal do serviço e levar o caso a um advogado especialista em Direito Tributário, já que cada município tem normas próprias e a análise depende das particularidades daquele contrato.

Conteúdo revisado em julho de 2026, com base na legislação vigente.

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